El limpia fondos puede alcanzar entre los 40 y 60 centímetros de longitud. Presenta un cuerpo aplanado, con una cabeza ancha y unos ojos laterales adaptados a la oscuridad.
Tiene una boca en disposición ínfera a modo de ventosa que le permite adherirse a los diferentes sustratos naturales. Esto le permite no ser arrastrado por las fuertes corrientes de los ríos.
Asimismo, esta característica morfológica hace que al alimentarse de las algas, limpie a su vez los cristales de las peceras.
Como dato curioso, el limpia fondos no tiene escamas, pero sí espinas y unas placas óseas que le sirven para protegerse de sus depredadores.
El Plecostomus suele presentar un color marrón o grisáceo y todo su cuerpo está cubierto por manchas negras que le convierten en un pez con un diseño muy característico.